王祖贤于1967年1月31日出生于台湾，家族源自安徽舒城。她的曾祖父王仁峰是舒城中学的创办人，且参与了中国近代的民主革命，被认为是著名的教育家。年轻时的王祖贤在13或14岁时就展现出其惊人的美貌，尽管素颜依旧显得端庄优雅。她的父亲王耀辉是一名在台湾颇有名气的篮球运动员，参与了1958年亚洲运动会等重要赛事。此外，王祖贤的祖父王国璠是章太炎的学生，曾在台湾大学任教，专注于台湾历史研究，并出版了《郑成功传》和《台湾抗日史》等多部著作。王祖贤在最近的采访中表示自己是地道的安徽人，并分享了她小时候和祖父一起回到安徽的经历，她提到爷爷回乡时总会受到热烈的欢迎，酒席更是摆了超过100桌，场面之热闹。她还提到因了解到一条路给居民出行带来了极大不便，便决定捐款修建这条路，体现出她的社会责任感。